Синусова аритмия обикновено е физиологичен и не олово до вторични заболявания. В много редки случаи обаче могат да възникнат следните заболявания или усложнения поради причината за синусова аритмия.
Сърдечносъдова система (I00-I99).
- Инфаркт на миокарда (сърце атака).
- Внезапна сърдечна смърт (PHT)
- Скачане към различен сърдечен ритъм
Психика - нервна система (F00-F99; G00-G99)
- безпокойство