Тежкият дефицит на витамин В6 е рядък.
Проучванията показват, че тиаминът е необходим за правилния метаболизъм и функцията на витамин В6. Следователно алкохолиците, които също имат дефицит на тиамин поради ниския хранителен прием, са изложени на най-голям риск да страдат и от ефектите на дефицит на витамин В6.
Някои проучвания са документирали анормални електроенцефалограми (ЕЕГ) при дефицит на витамин В6. Други неврологични симптоми, които се появяват при тежък дефицит, са раздразнителност, депресия, и объркване. Други симптоми включват глосит (възпаление на език), рани или язви в устаи рагади (пукнатини и язви) в ъглите на устата.